城市房屋征收与农村房屋征收差别较大。
首先，农村房屋征收针对的是集体所有土地，拆迁单位必须向政府部门提出申请，将集体所有土地变更为国有土地，待审批后，集体土地的征收手续才算完成，这样征收单位才能取得土地的使用权，合法开发。
因此，集体土地征收需要经过办理申请、拟定方案、征地审查、补偿安置、取得土地5个过程。
而城市房屋征收所针对的是城市规划区国有土地上的房屋，房屋所有者对土地享有使用权，因此在征收前应依法收回土地使用权。
其次，二者使用的法律不同。城市房屋征收主要使用《国有土地上房屋征收与补偿条例》，而农村房屋征收主要适用《土地管理法》、《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》。
最后，二者补偿的方式有所不同。城市房屋征收有货币补偿和房屋产权调换两种方式，而农村房屋征收除了这两种方式外，有条件的地区还可以通过另行批准宅基地的方式进行补偿。