补偿仅针对被征收房屋所有权人。如被征收房屋权属存在争议，应当先解决权属纠纷，确定被征收房屋的所有权人。如期限内房屋产权人仍不明确，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府按照征收补偿方式作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。如确定了被征收人对补偿决定不服，可依法申请复议或提起行政诉讼。
已办理抵押的房屋如遇征收，抵押人应当告知抵押权人，抵押权人可以参与征收补偿协议的签订于履行。如被征收人选择货币补偿，抵押权人可以要求被征收人提前偿还抵押债务、变更其他担保方式或提存。
如果被征收人选择房屋产权调换，则抵押权人可以要求被征收人订立新抵押协议并办理抵押登记或者变更其他担保方式。
涉及诉讼的房屋，由于被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。